K závěru Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) a k jeho tiskové zprávě z 30. března 2005 zaujímá Státní úřad pro jadernou bezpečnost (SÚJB) následující stanovisko:
Cílem kontroly, která proběhla v SÚJB v termínu 8. června - 2. prosince 2004, bylo prověřit správnost výkazů předkládaných SÚJB jako podklad pro závěrečný účet kapitoly 375 státního rozpočtu - Státní úřad pro jadernou bezpečnost. Nálezy NKÚ se v některých případech shodují s nálezy zjištěnými vnitřní kontrolou a auditem, k jejichž odstranění byla již během roku 2004 přijata nápravná opatření. SÚJB nepodal proti kontrolnímu protokolu námitky, a to zejména ze dvou důvodů. Jednak uznal, že v případě některých nálezů po formální stránce pochybil, jednak při projednávání kontrolního protokolu se členy kontrolní skupiny nabyl dojmu, že se pracovníkům SÚJB podařilo některé skutečnosti adekvátně vysvětlit a až z předloženého kontrolního závěru je patrné, že došlo k rozdílné interpretaci opodstatněnosti nálezů.
SÚJB se proto zásadně neztotožňuje s některými závěry NKÚ uvedenými v kontrolním závěru schváleném kolegiem NKÚ na zasedání dne 21. února 2005.
Pokud jde o věrohodnost účetní závěrky sestavené k 31. prosinci 2003, zaujímá SÚJB toto stanovisko: Přestože nebyla inventarizace hmotného majetku SÚJB formálně ukončena v termínu stanoveném zákonem č. 563/1991 Sb., o účetnictví, ač fyzicky proběhla, a tím byl porušen zákon, nelze tvrdit, že SÚJB stav svého majetku neprokázal. Majetek totiž nepřestal existovat a SÚJB o něm řádně účtoval. Nelze tudíž ani akceptovat stanovisko NKÚ týkající se věrohodnosti účetní uzávěrky. Mezi účastníky kontroly existuje odlišný výklad v interpretaci částek zahrnovaných do evidence a přijatelnou mírou špatné evidence a SÚJB na rozdíl od NKÚ tvrdí, že tato přijatelná hodnota míry špatné evidence leží v případě SÚJB pod hranicí hladiny významnosti. Závěr, že účetní uzávěrka za rok 2003 „nepodává ve všech významných ohledech věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví“ je tak podle názoru SÚJB chybný. Nelze se také ztotožnit se závěrem NKÚ, že účetní uzávěrka sestavená SÚJB k 31. prosinci 2003 nebyla spolehlivým podkladem pro sestavení závěrečného účtu kapitoly 375 - Státní úřad pro jadernou bezpečnost. Všechny diskutované položky byly pracovníky SÚJB řádně zdůvodněny a vysvětleny a jsou rovněž i předmětem vysvětlení podaného vládě ČR.
NKÚ konstatuje, že SÚJB porušil rozpočtovou kázeň tím, že uskutečnil v průběhu roku 2003 některé výdaje před rozpočtovými opatřeními nad výši rozpočtovaných položek rozpočtové skladby. Celkovou výši takto „neoprávněně použitých prostředků“ vyčíslil NKÚ na částku 1 272 990, 46 Kč. Přesuny prostředků uvnitř rozpočtu SÚJB byly prováděny v souladu s § 25 odst. 9 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech. Ve všech zjištěných případech se jednalo o krátkodobé přečerpání výše rozpočtovaných finančních prostředků (jednotky dnů) na účtech a pouze v rámci daného kalendářního měsíce. Zůstatky na účtech v jednotlivých měsících účetního období účetního roku nebyly v žádném z uvedených případů přečerpány. SÚJB v souladu se zákonem č. 218/2000 Sb. oznámil porušení rozpočtové kázně příslušnému finančnímu úřadu. Zjištění uvedená NKÚ by tak měla být posouzena Finančním úřadem pro Prahu 1.
Na základě zavedené vlastní kontrolní činnosti a auditu přijal SÚJB ještě v období před zahájením kontroly prováděné pracovníky NKÚ nápravná opatření vedoucí k odstranění zjištěných nedostatků, které byly následně rovněž konstatovány NKÚ. Další nápravná opatření byla přijata v průběhu kontrolní akce, případně po předání protokolu z kontroly.
SÚJB zdůrazňuje, že i přes pochybení, jichž se ve vedení účetnictví dopustil, nebyly překročeny závazné ukazatele rozpočtu za rok 2003 a rozpočtové prostředky nebyly zneužity. Dle stanoviska SÚJB je účetní uzávěrka sestavená ke dni 31. prosinci 2003 věrohodná.
Praha, 30.3.2005